Program nauczania w Studium Muzyki Kościelnej Diecezji Toruńskiej w swoim zamierzeniu ma łączyć elementarną edukację muzyczną ze specyfiką kształcenia organistów kościelnych. Obok przedmiotów ogólnomuzycznych takich, jak: zasady muzyki, kształcenie słuchu, harmonia, czy formy muzyczne, słuchacze Studium zdobywają wiedzę z zakresu chorału gregoriańskiego, harmonii modalnej, historii muzyki kościelnej, organoznawstwa, harmonii praktycznej i pieśni kościelnej. W celu lepszego rozumienia roli organisty i muzyki w liturgii, studenci uczestniczą w wykładach z liturgiki, prawodawstwa muzyki liturgicznej i podstaw teologii duchowości. Ponadto mają oni możliwość rozwijania swoich indywidualnych umiejętności wokalnych w ramach zajęć z emisji głosu i chóru szkolnego, dyrygenckich – podczas uczestnictwa w zajęciach z elementów dyrygowania, a także doskonalą oni swoje umiejętności w zakresie gry na fortepianie i organach.
Nauka w Studium Muzyki Kościelnej Diecezji Toruńskiej odbywa się w systemie pięcioletnim.